个人所得税申报系统是指“自然人电子税务局（扣缴端）”（即原自然人税收管理系统扣缴客户端），专门用于个人所得税代扣代缴（预扣预缴）申报的客户端软件。初次使用时，纳税人识别号为统一社会信用代码，扣缴义务人名称为企业名字全称。
扣缴义务人首次进行申报时，需到办税大厅获取初始申报密码或登录“个人所得税”手机APP设置申报密码。企业、个体工商户、个人独资企业或合伙企业等纳税人可以在“自然人电子税务局（扣缴端或WEB端）”申报投资者的经营所得个人所得税以及企业的综合所得个人所得税。
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